Em 1991, por meio da Lei Municipal nº 2.283, a Fundação teve sua natureza jurídica alterada de pública para privada, ampliando sua autonomia econômica, administrativa e financeira.

Apesar de seu início estar vinculado a um Decreto Municipal, a Fundação Hermínio Ometto sempre foi gerida sem interferências do poder público. Também sempre trabalhou sem fins lucrativos, mesmo tendo se transformado em entidade de direito privado.